Il 17 giugno dell'anno 827, genti di diversa origine (Arabi, Berberi, Spagnoli, Egizi, Siri, Persiani) ma accomunate dalla religione musulmana, sotto il comando del giurista settantenne Asad ibn al Furat, sbarcano a Mazara del Vallo, intraprendendo una guerra di conquista della Sicilia che si concluderà dopo oltre un settantennio.
Agrigento viene presa per la prima volta nell' 829; saccheggiata e forse completamente distrutta, fu definitivamente occupata nell'840 e ripopolata prevalentemente da Berberi delle tribù di Howwara e di Wedzagia, che ne fanno la loro capitale e vi rimangono fino alla loro espulsione dall'Isola nel 1015.
Dopo il cruento periodo della conquista, la città riassume la fisionomia di fiorente centro agricolo e commerciale. I Musulmani introducono la canna da zucchero "canna meli", il cotone, alcune varietà di agrumi, i datteri, i meloni, il sommacco adatto alla concia delle pelli e il gelso per la produzione della seta. La vicinanza alla costa africana favorisce il commercio, il cui sviluppo rende ben presto inadeguato il vecchio porto alla foce del fiume Akragas e necessario il trasferimento dello scalo marittimo in un luogo più adatto dove oggi è Porto Empedocle.
La popolazione vinta, cristiana e ebraica, non perde la facoltà di vivere secondo le proprie leggi e le proprie credenze o il diritto alla proprietà, ma è tenuta a pagare la gizjah, tributo annuale di protezione e l' harag, un tributo fondiario per i poveri, basato sulla fertilità dei campi e sulle diverse colture, che poteva essere ridotto in caso di camalità naturali. La islamizzazione è quasi totale per cui pochi sono i cristiani sopravvissuti quando arrivano i Normanni.
La greca Akragas e la romana Agrigentum diviene adesso la Kerkent arabo-musulmana che si concentra all'interno delle sue mura su quella che oggi chiamiamo Collina di Girgenti; a nord della città si apre la Porta dei venti o Bab-er-riiah (Bibirria); ad ovest, la porta di Ma'ssara (Mazara) o dei torchi per la vicinanza ai stabilimenti per la produzione dello zucchero; oltre la cinta muraria si sviluppa il rabato, ossia il borgo fuori la città. Sotto la porta Mazara, la Porta del Bagno che conduce ai bagni pubblici.
Come nel resto della Sicilia islamica, fioriscono gli studi letterari, scientifici e giuridici. Spicca tra tutti la figura di Mohamed-ibn-el-Hasan-ibn-Alì, detto Abu Bekr er Robe'i Al-Kirkenti, giureconsulta malikita che diede lezioni di diritto in Sicilia e ad Alessandria.
La civiltà arabo-musulmana prospera in Sicilia fino al sec.XI, quando cominciano a costituirsi principati arabi ribelli, le cui lotte intestine, nel 1061, offrono ai Normanni l'occasione di intervenire militarmente nell'isola. Kerkent, che era stata a capo di un emirato che controllava un terzo del territorio siciliano, viene presa solo nel 1086, dopo un lungo assedio.