Nel 535 le armate dell'Impero Romano d'Oriente, guidate dal generale Belisario, nel corso della guerra c.d. greco-gotica, sbarcano in Sicilia, conquistandola rapidamente: comincia così, sotto il regno dell'imperatore Giustiniano, la dominazione bizantina dell'isola, contrassegnata, almeno nel suo primo secolo, da una certa tranquillità, che comunque non ne arresta la decadenza. Fra il VI e il VII secolo Agrigento mantiene una discreta vitalità in alcuni quartieri dell'abitato ellenistico romano, il suo porto continua ad essere frequentato fino agli anni precedenti la conquista musulmana, e, oltre all'Emporium, pure sopravvivono popolosi sobborghi nelle vicinanze.

Ed è proprio in uno dei sobborghi della città, detto dei Pretoriani, che nel 559 nasce Gregorio, dagli agiati e pii agrigentini Caritone e Deodata; al compimento degli otto anni, questi ultimi lo presentano all'allora vescovo Potamione, affinchè fosse educato 'nella pietà e nelle lettere'. A 19 anni, sentendosi attirato dalla vita monastica e spinto dal desiderio di visitare la Terrasanta, si reca a Gerusalemme dove si fa monaco e si dedica alle sacre lettere con profitto; da qui si spostò a Costantinopoli e quindi a Roma nel monastero di S.Saba dove ebbe modo di mostrare la sua sapienza e insigne dottrina. Rimasta vacante la sede del vescovado di Agrigento, ed essendoci diverse fazioni in lotta per la successione, fu il Papa stesso che designò vescovo l'allora trentunenne Gregorio. Le fazioni opposte del clero, cessarono ogni ostilità, alleandosi contro di lui e calunniandolo, accusandolo di una relazione con una donna di facili costumi. Tradotto in carcere a Roma, dopo un processo che durò due anni, Gregorio venne assolto, tornò ad Agrigento a esercitare il suo vescovado, e qui morì nel 630. San Gregorio Akragantino è senz'altro la figura più rappresentativa della cultura agrigentina del periodo bizantino, sopratutto per la sua esegesi all'Ecclesiaste, ritenuto il più difficile libro della Bibbia, che lui interpreta in modo del tutto originale mostrando grande dottrina e profonda conoscenza della filosofia greca e di Aristotele in particolare.

E' da attribuire proprio a S.Gregorio la trasformazione in chiesa del tempio detto della Concordia, essendo stata la preesistente cattedrale profanata dall'usurpatore Lucio, e quindi, inconsapevolmente, permise la conservazione del suddetto monumento fino ai nostri giorni, mentre gli altri templi vennero sistematicamente distrutti nello stesso periodo storico. Furono i Bizantini, infatti, che introdussero in Sicilia un editto emanato dall'imperatore Teodosio nell'anno 393, che prevedeva la distruzione dei templi pagani,o la loro eventuale trasformazione in chiese cristiane; possibilità, quest'ultima, di cui ad Agrigento beneficiò, appunto, soltanto il tempio della Concordia...

Finchè il Mediteranneo centrale rimase saldamente sotto il controllo bizantino, Agrigento godette se non di prosperità, quanto meno di sicurezza; ma quando, a partire dala seconda metà del VII secolo, si fecero più intense le scorrerie dei musulmani stanziatisi in nordafrica, la popolazione si spostò gradualmente a vivere su quella parte della città corrispondente all'antica acropoli e lungo le sue pendici, dando origine ad un insediamento trogloditico meno appariscente e più facilmente difendibile (nella contrada oggi denominata "balatizzo").

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